南京医科大学是中国著名高等院校之一，其前身是江苏医政学院、国立江苏医学院，创建于1934年，1957年改名为南京医学院。1993年经国家教委批准，更名为南京医科大学。 目前，学校设有基础医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、口腔医学院、公共卫生学院、药学院、护理学院、医政学院、康达学院和成人教育学院，有3个七年制专业、23个本科专业方向，有2个博士后流动站、10个博士学位授权点、44个硕士学位授权点，有12所附属医院、29所教学医院、24个实习基地（江苏省卫生厅、南京市卫生局、江苏省及各市疾病预防控制中心和卫生监督所、专科医院等），有11个研究所、16个研究中心、5个江苏省重点实验室、7个江苏省重点学科
基础医学院由院办公室、学生工作办公室、教务办公室、八个学系（人体解剖学与组织胚胎学系、生理学系、药理学与神经生物学系、病原生物学系、微生物与免疫学系、病理学与病理生理学系、生物化学与分子生物学系、细胞生物与医学遗传学系）、三个部（公共基础部、外语部、体育部）、四个省级重点实验室（江苏省医学分子生物学研究所、江苏省生殖医学重点实验室、江苏省基因表达工程研究中心和江苏省人类功能基因组学重点实验室）、四个研究所（医学分子生物学研究所、临床药理研究所、神经科学研究所、法医司法鉴定所）、二个综合教学实验室（形态学实验室、机能学实验室）、康本医学检测所等组成。
现有教职员工289人，其中教授34人，副教授50人，高级实验师7人，博士生导师16名、硕士生导师27名。具有博士学位的教师29人，在职攻读博士学位的教师22人，硕、博士人数占教师总数60%以上。享受政府特殊津贴的专家31人，省级以上突出贡献专家11人， 3人获全国优秀教师荣誉称号， 4人获省"333培养工程"第二层次培养人选，5人获跨世纪学术带头人培养人选，9人次被评定为江苏省优秀青年骨干教师。
基础医学院承担临床医学、口腔医学、预防医学、护理学、公共卫生事业管理、药学等专业及康达学院和成人教育的基础医学教学工作，并全面负责管理生物技术、医学病理学、医学英语、基础药学、生物工程与制药等专业的办学与学生管理工作。学生工作办公室还负责临床医学本科与七年制学生的前三年管理工作。
基础医学院为一级学科博士后流动站，欢迎国内外从事基础医学研究的博士学位获得者进站开展研究工作；病原生物学、药理学、病理与病理生理学为博士点，也是江苏省重点学科；人体解剖学与组织胚胎学、生理学、药理学、病原生物学、免疫学、微生物学、病理与病理生理学、生物化学与分子生物学、神经生物学为硕士学位授权点。全院每年招收近百名硕士研究生和三十多名博士研究生。集教学、研究、人才培养、技术开发与社会服务于一体的江苏省基因表达工程研究中心和江苏省人类功能基因组学重点实验室也设立在基础医学院。目前承担"863"高技术发展计划、"973"基础研究重大项目子课题、国家医药技术创新研究重大项目、国家自然科学基金项目、多项省部级科研项目以及来自企业的其他合作项目的研究工作。
