哈尔滨医科大学具有悠久的历史和光荣的传统，一脉是由伍连德博士于1926年建立的哈尔滨医学专门学校，一脉是中国共产党于1931年建立的中国工农红军卫生学校（即迁至鹤岗市的兴山中国医科大学的一、二分校合并组建而成）。9月学校举行了伍连德纪念塑像落成典礼和建校75周年系列庆祝活动。
在党的教育方针和"科教兴国"战略指引下，以"三个代表"思想为指导，高举邓小平理论伟大旗帜，巩固开展"三讲"教育及"回头看"工作所取得的成果，团结和带动全校教职员工，解放思想、实事求是，抓住机遇、深化改革，全面促进了学校的发展。
哈尔滨医科大学经过76年的创建和发展，确立了"以本科生教育为基础、大力发展研究生教育和七年制教育、办好成人教育和继续教育"的办学指导思想，学校的整体实力进一步增强，影响不断扩大，学术地位进一步提高。
学校附属单位设：哈尔滨医科大学分校、基础医学学院、药学院、公共卫生学院、研究生院筹备处、成人教育学院、继续教育学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、第四临床医学院、第五临床医学院、口腔医学院、护理学院。
中国地方病防治研究中心、中国医学科学院黑龙江分院、中国预防医学院黑龙江分院、中华医学会继续教育中心、国家新药临床试验研究中心、国家基础科学研究和教学人才培养基地、卫生部卫生管理干部培训中心、卫生部俄语培训中心、卫生部细胞移植重点实验室、黑龙江省医学科学院、黑龙江省器官移植中心、黑龙江省心脑血管疾病防治研究中心、黑龙江省肿瘤介入治疗中心、黑龙江省医学分子生物学实验室等均设在校内。
博士后站点6个：
- 共卫生与预防医学博士后流动站
- 临床药（理）学科研工作站
- 临床医学博士后流动站
- 基础医学博士后流动站
- 生物学博士后流动站
- 哈尔滨医科大学--中龙医药集团企业博士后工作站
博士学位授权学科、专业35个：
生理学、遗传学、生物化学与分子生物学、人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、法医学、内科学：（心血管病、血液病、呼吸系病、消化系病、内分泌与代谢病、肾病、风湿病、传染病）、神经病学、外科学（普外、骨外、泌尿外、胸心外、神外、整形、烧伤）、肿瘤学：（内科、外科、放疗）、麻醉学、流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、儿少卫生与妇幼保健学、卫生毒理学、药理学、社会医学与卫生事业管理。
硕士学位授权学科、专业46个：
生理学、遗传学、生物化学与分子生物学、生物物理学、科学技术史、人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、内科学：（心血管病、血液病、呼吸系病、消化系病、内分泌与代谢病、肾病、风湿病、传染病）、儿科学、老年病学、神经病学、精神病与精神卫生学、皮肤病与性病学、影像医学与核医学、临床检验诊断学、外科学：（普外、骨外、泌尿外、胸心外、神外、整形、烧伤）、妇产科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、麻醉学、急诊医学、口腔临床医学、流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、儿少卫生与妇幼保健学、卫生毒理学、药理学、社会医学与卫生事业管理、中西医结合临床。
七年制本硕连读专业及本科专业9个：
基础医学（七年制）、临床医学（七年制、俄语医学六年制、日语医学六年制、五年制）、预防医学、口腔医学（日语口腔医学六年制、五年制）、医学影像学、麻醉学、护理学、药学、公共事业管理（卫生）。
专科（高职）专业5个：
临床医学、视光医学技术、口腔修复与正畸技术、医疗保险、医学检验。
学校先后同南开大学、哈尔滨工业大学分别签署了协议，联合培养七年制学生。
全校教职工6737人，其中专业技术人员5676人。专业技术人员中正高职职称613人，副高职职称972人，中级职称2416人，助级职称943人，员级及待定732人。
在校学生9953人，其中博士研究生235人，硕士研究生713人，普通教育本科生3143人，普通教育专科生462人，成人教育本科生1871人，成人教育专科生3529人。
“211工程”第一阶段建设取得圆满成果，并通过验收。 “211工程”第二阶段建设正式启动。
国家重点学科营养与食品卫生学科继续保持全国牵头学科位置， 1998年在国家“长江学者奖励计划”工程中，被教育部批准为设置特聘教授岗位学科。
20个二级学科被批准为省级重点学科。2000年获黑龙江省特聘教授岗位学科4个。临床医学、预防医学、口腔医学、麻醉医学为省教育厅确定的重点建设专业。
医学遗传学科的科研条件达到国内一流水平，目前承担国家重点科研课题等5项研究任务，在胃癌相关基因、肺癌相关基因的研究，人类癌症的基因治疗、中国人类基因组计划等方面获得多项科研成果。
地方病防治研究中心作为国家疾病控制中心一部分，负责地方病防治研究工作。
病因流行病学实验室进行的大骨节病病因学研究，首次发现了大骨节病是T-2毒素所致。
在我省的北药开发中，我校研制的“713”（亚砷酸注射液）药物被列入国家二类新药。
实验教学由16个单学科实验整合为理化、计算机、生物技术、形态、机能和病原六大实验模块，实验教学的目的更加强调培养学生科学思维、实践动手能力和创新精神；实验项目由单一验证性实验转向综合性高层次实验。
2000年获国家高等教育重大研究课题“21世纪初高等学校教育改革”研究项目3项。
在已有的2个部省级重点实验室基础上，卫生部细胞移植重点实验室、黑龙江省医学分子生物学实验室相继在哈医大设立。
在2000年国家自然科学奖、国家科学技术进步奖评选中，我校获得国家科技进步二等奖2项，国家自然科学二等奖1项。分别是：“实体瘤的细胞遗传学研究”获国家科技进步二等奖；“系列性脾保留性手术的基础与临床研究”获国家科技进步二等奖、“全反式维甲酸与三氧化二砷治疗恶性血液疾病的分子机制研究”获国家自然科学奖二等奖（第二作者单位）。
在2000年全国高校科学技术奖评选中,我校获自然科学一等奖1项、二等奖2项；科技进步二等奖1项。分别是：“抗心律失常药物作用最佳靶点的研究”获自然科学奖一等奖,“消化系器官内淋巴管的分布、结构特征、淋巴管前通路及肠粘膜免疫”及“人非小细胞肺癌和胃癌的细胞和分子遗传学研究”获自然科学奖二等奖,“紧闭法吸入麻醉的基础及临床研究”获科技进步二等奖。获奖成果列全国高校第23位。
在2001年高等教育国家级教学成果评选中，我校获得一等奖1项，二等奖2项。分别是：“创建教学地位巩固、管理严格规范、环境条件优越的临床教学基地”获一等奖，“面向21世纪<医学遗传学>课程建设与改革”及“创建预防医学教育医、理、文相结合三维课程体系”获二等奖。2001年国家自然科学基金项目中标课题20项。
2001年获得中华医学科技奖一等奖1项，三等奖2项。分别是：“同种原位心脏移植的实验和临床应用研究”；“神经内窥镜的临床应用及相关基础研究”和“全国大骨节病病情监测”。
2001年获得中国高校科技奖自然科学二等奖2项，科技进步二等奖1项。分别是：“碱性氨基酸在血红素加氧酶电子传递中作用的研究”、“八肽胆囊收缩素对中枢神经和小肠痛觉调节机制机理的研究”、“神经免疫病r-干扰素分泌性T细胞的研究”。
哈尔滨医科大学四所“三级甲等”临床医学院是黑龙江省医疗服务中心。五所临床医学院床位4438张，年门诊量130万人次，年收住院病人7.6万人次。并为学生课间及毕业实习提供了良好的临床实习基地。
深化医疗体制改革，整顿了医药秩序，严格医药管理，全面提高医疗质量，获得明显的经济效益和社会效益。附属第二临床学院通过了ISO9002族国际质量管理认证并在国内率先开展了"责任医师责任医疗制"。各附属临床学院24小时住院医生负责制得到切实落实。
在完成医疗保健服务的同时进行创新。同种异体劈裂脾移植、同种异体双手移植、同种异体全前臂移植居国际领先水平；同种异体心脏移植患者生存质量居亚洲之首；肝脏移植手术患者已生存三年；同种异体脾移植手术、心肺联合移植、小肠移植、甲状腺甲状旁腺胸腺联合移植、胰肾移植均达到国内领先水平。
东北三省首例试管婴儿于1997年9月21日出生，第二代试管婴儿研究工作取得成果。2001年李秋杰获得南丁格尔奖章。
学校先后同美国、日本、加拿大、澳大利亚、瑞典、俄罗斯、德国、芬兰等国家和地区的35所院校建立了友好校际关系，进行国际交流。正式成为美国中华医学基金会（CMB）会员单位，并承担科学研究课题。同英国卫-8项目和美国健康基金会（HOPE）进行国际项目合作，与日本、加拿大国际开发合作取得实质性进展。
学校继续坚持以学科建设作为建校之本，以两支队伍(科技人员队伍、管理人员队伍)建设为核心，以人事、分配、科研体制改革为动力，加强博士点的建设和导师队伍建设；加强“十、百、千”人才的建设工程；继续以重点学科为龙头，带动全校学科上水平。
加大人才引进力度，通过实施国家“长江学者奖励计划”、黑龙江省高校特聘教授岗位、重点实验室访问学者制度和骨干教师资助计划，发挥出国人员“海外兵团”的作用，使学校科研工作与国际接轨。
新世纪，不仅为高校提供快速发展的难得机遇，同时也必然带来新的、更严峻的挑战。面对知识经济的呼唤，学校要认真落实全国教育工作会议的精神，以良好的精神状态，抓住机遇，开拓进取，加速内部管理体制改革，加速学科建设，深化教育改革，全面推进素质教育。 把哈尔滨医科大学建成培养创造型人才的摇篮，科技发展的前沿，经济建设的重要力量，国际交流的桥梁，成为国内一流，国际有影响的医科大学。
