我校有中山医院、华山医院、儿科医院、妇产科医院、眼耳鼻喉科医院、肿瘤医院、金山医院、上海市第五人民医院八所附属医院，拥有核定床位数4,720张。附属医院共有医务人员8，760人，其中副高级以上职称1,051人。

    附属医院是培养高层次临床医学专家的摇篮，有一批蜚声海内外的著名临床医学专家，更拥有一大批出类拔萃的中青年骨干和学科带头人。临床医学曾经涌现了黄家驷（外科）、林兆耆（内科）、沈克非（外科）、荣独山（放射科）、王淑贞（妇产科）、陈翠贞（儿科）、郭秉宽（眼科）、胡懋廉（耳鼻喉科）、钱惪（传染科）、杨国亮（皮肤科）、吴绍青（肺科）等11位国家一级教授。目前有两院院士5名，国务院学位委员会和学科评议组成员4名，博士生导师128人，硕士生导师250人，上海市卫生系统百人计划32名，上海市医苑新星26名。

    附属医院拥有肿瘤学、神经医学、心血管病学、影像医学等一批具有相当实力和优势的学科和学科群，有教育部国家重点学科14个，"211工程"重点学科6个，卫生部临床重点学科10个，上海市临床医学中心8个，上海市医学领先学科8个，上海市医疗质量控制中心7个。作为医学科研基地，承担和参加多项国家自然科学基金、教育部、卫生部和上海市项目基金的研究工作，获得了众多的科研成果，肝癌临床、新喉再造、颅底显微外科、臂丛根性撕脱伤等研究达国际先进水平。

    附属医院每年承担大量的医疗任务，接受和诊治众多来自全国各地和海外的疑难危重病例，成功抢救大量心脑血管意外、气管异物、复合性外伤等急诊病人。设有普通门诊、专家门诊、专科专病门诊、疑难杂症会诊、干部保健、特需服务等多种形式各种层次的医疗服务，2001年各医院医疗工作量达到新高，医疗质量和运作效率进一步提高：门急诊量539.73万，出院病人10.57万，手术人数5.09万，门诊与出院诊断符合率、入院与出院诊断符合率、入院三日确诊率均超过97%，病床使用率高于95%。