上海第二医科大学(原名上海第二医学院)由圣约翰大学医学院(1896-1952)、震旦大学医学院(1911-1952)、同德医学院(1918-1952)于1952年全国高等学校院系调整时合并而成。
经历了一个世纪的办学历史和近五十年的迅速发展，学校已经成为一所学科专业齐全、师资力量雄厚，学术成就卓著，医、教、研全面发展的有一定特色的新型医科大学。学校现有教职员工12，465人，其中高级职称专业技术人员1340人，中科院和工程院院士5人，"973"项目首席科学家3人及一批在国内外有一定影响的中青年学者。学校目前有11个二级学院和2个校直属系（部），1所卫生技术学院和1所全国重点附属卫生学校，5所综合性的附属医院，1所专科性附属医院，15所教学医院及教学基地。学校共设2个七年制专业，7个五年制本科专业，6个三年制高专和高职专业。学校现有47个硕士点学科，31个博士点学科及3个博士后流动站，博士导师生154名，硕士生导师420名。自建校以来，毕业学生26000多人。学校已基本形成了普通本科教育、研究生教育、成人继续教育和外国留学生教育等比较完整的高等教育体系。
学校学科建设齐全，具有一流的科研机构和很强的科研实力。现有74个学科，其中2个国家重点学科、2个上海市重中之重学科、22个上海市重点学科，9个上海市领先学科。设有15个市级研究所、1个教育部重点实验室（国家级）、3个卫生部重点实验室、8个上海市重点实验室、3个世界卫生组织合作中心、20个直属研究室，承担着国家大量的医学科研任务。学校同9个国家26所学校建立了校际联系，聘请了100多位外国专家为名誉教授、顾问教授和客座教授，并与中国科学院、世界卫生组织、联合国人口基金会、香港华夏基金会、美国民间健康基金会等有着广泛的合作，带动了学校医、教、研的发展。　　
学校于1997年11月顺利通过了"211工程"建设项目立项评审，是国家"211工程"重点建设院校。面向新世纪，学校已经制定了新的"十五"建设计划，全体"二医人"正以饱满的工作热情，励精图治，努力把二医大建设发展成为医、教、研全面发展，国内领先，国际上具有相当知名度的一流医科大学。