安徽医科大学前身是上海东南医学院，创办于1926年5月，1949年底响应中共中央华东局“面向农村，走向内地”的号召，内迁安徽省怀远县，成为安徽省第一所高等医科院校。1952年迁至现址，改名为安徽医学院。1956年3个学科招收副博士研究生。1978年被省政府确定为省属重点高校。同年恢复招收硕士研究生。1990年经国务院学位委员会批准，成为安徽省省属高校第一个博士学位授权单位。1996年6月经国家教委批准，更名为安徽医科大学。2003年经国家人事部批准，设立药学、临床医学2个博士后科研流动站。学校占地约86万平方米（1296亩），建筑总面积约70万平方米。
　　建校以来，共为社会培养医学人才29100余人，其中本科生14083人，专科生5470人，硕士生644人，博士生30人，各类成人教育学生8902人。
学校现有基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院（附属口腔医院）、卫生管理学院、研究生学院、成人教育学院、第一临床学院（第一附属医院）、省立临床学院（附属省立医院）、第二临床学院（第二附属医院，在建）、第三临床学院（附属合肥市第一人民医院）、社会科学部、公共课程部、护理系、药学系、医学检验系、医学影像系、麻醉学系、医学心理学系、医学美容系、南校区共20个直属教学机构。有91个教研室，19个教学实验室。
　　临床医学专业有第一临床学院（第一附属医院）、省立临床学院（附属省立医院）、第三临床学院（附属合肥市第一人民医院）、附属口腔医院、解放军临床学院（解放军105医院）、精神卫生临床学院（合肥市第四人民医院）等28家临床教学实习医院；预防医学专业有合肥市卫生防疫站等6家防疫站；其他专业实践教学基地38家；分布于本省各市及北京、上海、江苏、山东、广东等。
　　学校设有临床医学（七年制）和临床医学（五年制）、口腔医学、预防医学、基础医学、生物技术、麻醉学、医学影像、医学检验、护理学、妇幼卫生、卫生事业管理、医疗保险、医药信息与计算机应用、全科医学、康复治疗学、医学心理学、临床药理学、药品监督与管理共18个本科专业（方向）。有医学美容、病理检验等7个三年制专科专业（方向）。有药理学、皮肤病与性病学、老年医学、流行病与卫生统计学4个博士学位授权学科和46个硕士学位授权学科，具有临床医学专业硕士学位授予权。有药学、临床医学2个博士后科研流动站。有药理学、皮肤病与性病学、老年医学、流行病与卫生统计学、病原生物学、外科学（普外）6个省级重点学科和内科学（消化系病）省级重点扶持学科。20个省级临床医学重点学科，7个省级临床医学重点扶持学科。2个省级重点实验室（安徽省基因研究重点实验室、安徽省分子医学重点实验室）。是国家药品临床研究基地。
　　全校现有教职医护员工4816人，其中正高职称439人，副高职称699人，博士125人，国家“百千万人才工程”第一、二层次人选5人，教育部骨干教师3人，省学术和技术带头人71人，省高校学科拔尖人才6人，省高校中青年学科带头人30人，省高校优秀中青年骨干教师48人，省卫生系统学术技术带头人152人，享受国务院及省政府特殊津贴247人，教师中有30人次担任国家医药类本科规划教材的主编、副主编或编委，1996年以来获得省部级以上模范称号19人。
　　截止2003年6月，在校生共 7415人，其中博士生42人、硕士生385人、本科生6497人、专科生491人。学校获准招收港澳台地区本科生、研究生和外国留学生。
　　 图书馆藏书72万册，中外文印刷期刊及网络电子版期刊20000余种，为全国生物医学文献资源共享网络安徽省级中心馆，校园网联通中国教育科研网和国际互联网。
　　学校有临床药理、生物医学、老年病、立体定向神经外科、心血管病、肿瘤防治、皮肤病、基础医学、预防医学、临床医学、口腔医学、卫生事业管理、医学哲学共13个省、校级研究所。建有安徽省医学实验动物中心。近5年来，承担包括国家“863”“973”计划、火炬计划、国家自然科学基金和国际合作项目等各类科研课题893项，争取纵向科研经费2152万元，76项成果获得奖励，出版著作149部，发表科技论文3800多篇，其中SCI收录论文146篇。编辑出版的国家级及面向全国发行的期刊有《安徽医科大学学报》、《中国药理学通报》、《临床与实验病理学杂志》、《疾病控制杂志》等13种。
　　学校与欧、美、日本、加拿大等地区和国家的一些著名高校建立了密切的校际关系。目前每年有近100人到国外留学、研修和参加学术交流。每年邀请30多位外国专家、学者来校讲学。与世界卫生组织、香港复康中心合作培养康复医学人才；与荷兰皇家科学院脑研究所合作成立了安徽省老年病研究所；与加拿大加中儿童基金会合作建立了儿童保健培训中心；与日本JICA集团合作培训全省市、县卫生局局长和医院院长；与德国奥斯纳布吕克应用科学大学合作成立中德卫生管理培训中心等。
　　未来4年,我校将高举邓小平理论伟大旗帜，以党的十六大精神为指导，全面贯彻“三个代表”重要思想，坚持党的教育方针和卫生工作方针，按照《教育法》、《高等教育法》、《中共中央、国务院关于深化教育改革全面推进素质教育的决定》以及教育部教高[2001]4、5号文件精神，以教学为中心，以育人为目的，以发展为第一要务，树立以人为本、依法治校、以德治校、民主治校和质量兴校的办学理念，努力提高教学质量和办学效益，推动学校事业全面、协调、可持续发展，实现校第五次党代会确定的奋斗目标