新疆医科大学坐落于乌鲁木齐市风景秀丽的鲤鱼山脚下，它是我国目前为数不多的一所中西医并重、具有浓郁地域特色的综合性高等医学院校。为了加快新疆高等医学教育和卫生事业的发展，1998年4月7日经国家教育部批准，新疆医学院和新疆中医学院合并成立了新疆医科大学，原中共中央总书记、国家主席江泽民同志我校题写了校名。
原新疆医学院始建于1954年，1956年建成开院，为前苏联援助下我国第一个五年计划156个重点项目之一。原新疆中医学院成立于1961年，1986年11月经国家教委批准成立了新疆中医学院。在近50年的历程中累计培养了4万多名各类医学人才。
目前，新疆医科大学已建设成为一所中西医并重，集教学、医疗、科研于一体，具有浓郁民族特色和地域特点的综合性高等医学院校。现设有十四个学院（中医学院、基础医学院、公共卫生学院、药学院、厚博学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、第四临床医学院、成人教育学院、护理学院、高职学院、医学工程技术学院、北京大学医学网络教育新疆学院），两部（人文社会科学部、体育教学部）,三系（口腔系、中医系、针灸骨伤系）,四所附属医疗机构（第一附属医院、第二附属医院、附属肿瘤医院、附属中医医院）。现有1个七年制临床医学研究生教育专业，18个本科专业和专业方向，28个专科专业和专业方向；拥有一级学科博士后流动站3个（临床医学、药学、环境卫生学），博士学位点3个(内科学、药理学、劳动卫生与环境卫生学)，三级学科硕士学位点36个；自治区级重点学科5个、自治区级重点实验室5个、自治区级研究所（中心）8个，在全疆有各类临床教学实习基地40余所。并于1986年被授予西北地区首批心血管内科博士点，1992年获得自治区高校唯一的劳动卫生与环境卫学专业博士点，1996年获得在职人员申请硕士学位授予权，2000年被授予新疆唯一的药理学专业博士点。
全校占地面积164.85万余m2，建筑面积61.59万m2；教学、医疗、科研设备总价值10.2亿元；校图书馆拥有馆舍5452m2，藏书40.8万册。学校现有教职工5432人，具有高级专业技术职务人员784人，占教职工总人数的14.43%；现有博士生导师35名，硕士生导师287名。全校有41名专家享受国家政府特殊津贴，16位同志被授予自治区有突出贡献的优秀专家称号。现有各类在校生15192名（其中民族6078，占40％），其中博士、硕士研究生580名(其中民族79，占13.62％)；七年制研究生教育专业学生222名(其中民族115，占51.8％)；普通本、专科生6735名(其中民族3756，占55.76％)；成人本、专科生6009名(其中民族1186，占19.74％)；中专生1559名(其中民族942，占60.42％)；共招收外国留学生87人。医科大学成立后近五年(1998-2003年)共获科研项目86项，申请经费571万元；其中国家级11项，申请经,294万元；省、部级5项，申请经费22万元；自治区级30项，申请经费229万元；厅、局级40项，申请经费26万元。发表论文1806篇，共获各级奖励40项，其中部(委)级1项；自治区级39项。目前正在进行的科研项目共72项，总经费506万元；其中横向科技合作项目16项，合同金额370.8万元。学校已连通互联网和教育科研网，并开通了辐射全疆的卫生部卫生卫星双卫网和上海远程医学教育网，目前正同美国3CX公司开展教学网络课件制作和网络课程学习方面的合作。学校还同美、英、法、日、俄、哈萨克斯坦等十多个国家的大学或科研机构建立了合作关系。我校的四所附属医院均为国家三级甲等医院，总床位数3098张，年门诊量达110万人次，年住院5万多人次，年手术量达1.6万余台次。
学校在未来发展中，将继续高举邓小平理论伟大旗帜，全面落实“三个代表”的重要思想，坚持党的教育方针和社会主义办学方向，积极适应21世纪知识经济发展的需要，全面推进素质教育和创新教育，力争把我校建设成为现代化综合性医科大学。